④レイアウトを、上に「お気に入りスレッド」、下に「新着スレッド」と二分割する。
これは、「新着スレッドにて嫌なスレを見すぎて、離れてしまったユーザー」への配慮です。
サイトを開いたときに、「お気に入りスレッド」が目に入るようにすれば、不快感は減少し、結果としてサイトに定着しやすくなると考えます。

あるいはいっそ、「閲覧履歴」のスレが最初に表示される、というレイアウトの方がいいかもしれません。現状、「新着コメントのついたスレが最初に表示される」というのが、過疎を招いていると考えます。今のPC版レイアウトを生かすなら,,,

閲覧スレッド順　新着コメント順　新着スレッド順

にして、「閲覧スレッド順」を最初に表示する仕様に変更するのはいかがでしょうか？
>>11 さんとは異なる提案です。だいぶ雰囲気は変わると思います。
レイアウト（トップに何をもってくるべきか）は、アンケートを取った方がいいかもしれません。

⑤総合雑談、要望・バグスレッドのみ、トップページに固定する。こちらはほかのスレッドよりも重要度が高いと考えました。
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