ここからは半分くらい進めた自分からの軽いネタバレありアドバイス

「課外授業の要素」
・レジェンドルート→探索に関する要素が解禁されるため結構重要
・チャンピオンロード→捕まえたての高レベルのポケモンを言う事聞かせるために重要
・スターダスト★ストリート→作れるわざマシンが増える

悩んだらレジェンドルートとチャンピオンロードを優先し、近くにあったらスターダスト★ストリートをやる感じでいいかも

「レベル上げ(ストーリー中)」
・学習装置が無く、最初から全ポケモンに経験値が入る
・ポケモンを捕まえても経験値が入るので、とりあえず未捕獲のポケモンを捕まえるとレベル不足になりにくい
・トレーナー戦も一部ポケセンで〇体倒すとアイテムプレゼントというキャンペーンがあるから余裕があれば戦う
・Rボタンのレッツゴーは戦闘しなくていいため楽だけど、経験値は普通に戦うのと比べたら少ない。素材集めに使う方がいいかも

「その他」
みねうちのわざマシンは図鑑を30種以上埋めて学校内の担任に話す
素材は最序盤で行ったところの水辺と南2番エリア付近でゲット出来る